研究发现,常用的DNA检测方法对罕见突变有很高的假阳性率

消费者DNA测试仍然是一个蓬勃发展的行业,但周一发布的新研究表明,它在预测能力方面存在明显缺陷。这些发现表明,许多公司使用的一种常见的检测方法在正确识别可能增加癌症等健康问题可能性的罕见基因突变方面非常糟糕。因此,许多使用者可能面临虚假健康恐慌的风险。

英国埃克塞特大学的研究人员研究了一种依赖于单核苷酸多态性(SNPs)的测试方法。单核苷酸多态性是基因组中单个核苷酸(DNA和RNA的基本组成部分)的个体变异。科学家们已经开发出可以同时检测大量snp的芯片,公司通常使用这些snp作为标记来确定一个人的最近祖先,以及他们拥有某些特征或患上某些疾病的可能性。

这些微小的变化是一个人可能拥有的最常见的遗传变异类型,迄今为止发现了超过3亿个snp。但有些单核苷酸多态性比其他的少得多。据周一发表在《英国医学杂志》(BMJ)上的这项新研究的作者称,这些芯片在识别更罕见的snp方面不是很热门。

研究人员分析了来自英国生物银行的数据,该研究项目收集了超过50万居民的基因信息,希望更好地了解公共卫生。该项目的大约5万名参与者都接受了SNP测试,并对他们的整个基因组进行了测序,从而让研究人员有了一个基准来比较前者的准确性。他们还比较了个人基因组项目(Personal Genome Project)的数据,该项目最初成立于哈佛大学(Harvard University),来自21名志愿者,他们进行了SNP测试,并通过一家商业公司对他们的基因组进行了测序。

当发现频繁出现的基因变异时,芯片做得很好,与测序数据匹配的准确率超过99%。但是,他们应该寻找的苏格兰民族党越罕见,他们在证实它确实存在方面的表现就越差。对于那些被认为出现在每10万人中少于1人(0.001%)的变异,这些测试的平均假阳性率为84%,这意味着它只在16%的时间内正确识别了存在的变异。在个人基因组计划的21名志愿者中,研究人员发现了至少一个假阳性结果。

“虽然SNP芯片在检测常见基因变异方面很出色,但它们不是用来检测罕见变异的,众所周知,在遗传学研究领域,它们不是用于这一目的的合适工具。”埃克塞特大学(University of Exeter)遗传学家和基因组医学教授、高级研究作者卡罗琳·赖特(Caroline Wright)通过电子邮件告诉Gizmodo。不过,根据研究人员的说法,他们的研究是第一次尝试用全基因组测序的黄金标准来估计这种准确性的缺失。

该研究小组的研究并没有指定一家特定的公司。但他们表示,他们已经看到越来越多的公司使用这些SNP芯片来检测引起疾病的罕见突变,包括那些与乳腺癌有关的突变。而且,不出所料的是,有案例报告称,一些消费者错误地认为,根据他们的研究结果,他们注定会患上癌症或其他严重的罕见疾病。

“我们没有研究任何特定的公司,但这将是大多数提供直接面向消费者DNA测试的公司需要考虑的问题,因为它们大多数都使用SNP芯片技术,”埃克塞特基因组医学讲师、合著者利·杰克逊(Leigh Jackson)在一封电子邮件中说。

有一些安全措施可以用来防止涉及罕见变异的潜在假阳性,比如用更准确的测试对结果进行双重检查。但是,如果客户将他们的数据上传到特定的第三方网站,他们很容易被愚弄。

杰克逊指出:“尽管一些消费者基因组学公司在将重要结果发布给消费者之前进行测序,但大多数消费者也会下载他们的‘原始’SNP芯片数据进行二次分析,而这些原始数据仍然包含这些不正确的结果。”

其他研究表明,单核苷酸多态性在预测人们未来的健康方面并不是很好,即使许多可能的预测标记被合并成一个单一的风险评分。其中一个原因是,大多数健康问题受到的影响远远超过我们的基因。如果基于snp的检测在预测那些通常由罕见基因变异引起的疾病方面也很糟糕,那么这将进一步降低它们作为我们健康算命工具的价值,至少在它们自己使用时是这样。

“我们的研究表明,在检测到罕见的基因变异时,结果更有可能是错误的,而不是正确的,在没有其他方法验证结果的情况下,不应该采取任何临床行动,”杰克逊说。

作者:是柚子呀,如若转载,请注明出处:https://eozlab.com/zirankexue/shengwu/1514.html